CAPILLARY ELECTROPHORESIS SEQUENCING

サンガーシーケンス解析

概要

Macrogen JapanのDNA塩基配列解析サービスでは、サンガー法によるシーケンスサービスを提供いたします。最も主要なサービス(一般シーケンス・Premixシーケンス・Run Onlyシーケンス)だけでなく、長鎖の塩基配列解析に適したPrimer Walking、微生物(細菌、カビ、酵母)の識別に活用される微生物同定用rRNAシーケンスといった5つのサービスラインナップをご用意しております。
また弊社では、ご依頼から結果確認まで全てマイページにて行っていただけます。ご依頼方法については発注フローのページをご参考ください。

価格表はこちら

サンガーシーケンス 最新版フライヤー

使用機器 & 解析長

Applied Biosystems 3730xl DNA analyzer を用い、最長1200 bp の DNAシーケンスを行います。
*サンプルの状態や配列等の要因により、解析長が短くなる場合がございます。
*一部のサービスではシーケンス長は保証しておりません。

情報管理

自社のLaboratory Information Management System (LIMS)により、お客様の情報および解析結果を徹底管理いたします。

納品形態

結果が得られ次第、ご登録のアドレス宛にメールにてお知らせいたします。結果はマイページもしくは納品通知メールに記載のURLからご確認いただけます。
納品物 (Raw data)の拡張子はab1, txt, pdf, phd, scfの5種類です。ご利用しやすいファイルにてデータのご確認をお願いいたします。
結果は1か月以内にダウンロードをお願いいたします。納品から1か月経過しますとデータを削除いたします。
一般・Premixシーケンスサービスにてオプションとしてご利用いただけるBioinformatics解析はRaw dataの納品後に行います。解析終了しましたら、別途メールにてお知らせいたします。
*混雑状況、サンプル数によってはお時間いただく場合がございます。

サンプルおよびプライマーの保管期間は受付後1か月です。

  • 一般シーケンス
  • Premixシーケンス
  • Run Onlyシーケンス
  • Primer walking
STANDARD SEQUENCE
一般シーケンス

サービス概要

DNAサンプルとプライマーを別々にお送りいただきます。 Universal primer list に記載のあるプライマーは無料でご利用いただけます。
サンプルのQuality Checkを行い、 経験豊富なスタッフがシーケンス反応溶液を最適濃度に調整することで、 最善の結果をご報告いたします。

一般シーケンスのウェブオーダー方法はこちら

特徴

弊社保有のUniversal primerは無料でご利用いただけます

プライマーリストはこちら

再反応1反応につき1回無料

弊社の実験過程に問題があると判断される反応について、無料にて同様の反応を行うサービスです。
再反応のオーダー方法はこちら
*トラブルシューティングガイドに記載があるようなサンプル特異性による結果と判断される場合、またサンプル残量が不足する場合、ご要望にお応えできない場合もございます。

保管サンプル・プライマーの利用が可能

【保管サンプルをご利用の場合】
弊社での保管期間内であれば、過去にお送りいただいたテンプレートDNA を使用して、初回とは異なるプライマーで解析を行う事が可能です。
保管サンプルの仕様をご希望の場合は 追加反応 としてご注文をご登録ください。
追加反応のオーダー方法はこちら

【保管プライマーをご利用の場合】
弊社での保管期間内であれば、過去にお送りいただいたプライマーを“保管プライマー”としてご利用いただけます。
保管プライマーのご利用方法はこちら
*オーダー確認後、サンプル、プライマーの残量を確認いたします。
*追加反応は、通常のサービス料金が発生いたします。
*サンプル・プライマーの保管期間はサンプル到着受付より1ヶ月です。

基本的な分析サービスの無料提供

得られた配列データをもとにBlast Nでの相同性検索または、Assembleを行います。オプションサービスとして提供しております。

納期

通常納期
サンプル受付後、最短12時間、通常24~36時間、48時間以内の納品を保証いたします。
*大量サンプルをご依頼時の納期は別途ご相談ください。

付加サービスをご利用の場合
PCR産物の精製を弊社にて行う場合
上記の基本納期 +1営業日いただきます。

プライマー製作からご依頼いただいた場合
上記の基本納期 + 2営業日をいただきます。

Blast 解析、Assemble をご依頼いただいた場合
シーケンスデータを基本納期内に納品後、データ解析を行います。
データ解析結果は解析終了次第、納品を行います。
*解析データの納品は、解析サンプル数の量によってはお時間を頂戴する場合がございます。予めご了承ください。

価格

95反応以下の場合,1反応あたり 935円 (税込)
96反応以上の場合,1反応あたり 770円 (税込)
※10反応以上から送料無料です。ヤマト運輸の着払い便でお送りください。
※10反応未満の場合は送料実費を請求いたします。


付加サービス
PCR産物精製
264円(税込)/ サンプル
*ExoSAP-IT$2122 Express PCR Product Cleanup Reagent 500 reactionsを用いた酵素精製を行っております。

プライマー製作
121円(税込)/ mer
*オーダー完了後にご注文をキャンセルされた場合でも、プライマー製作費用が発生する場合がございます。

初回3反応無料体験

一般シーケンス解析では、初回のご依頼に限りまして、3反応を無料で提供しております。ぜひ一度弊社のサービスをお試しください。

*過去にDNA塩基配列をご利用いただいた方は、適応外です。
*付加サービスをご依頼の際は、付加サービス分の料金が発生いたします。
*初回のご依頼が3反応に満たない場合、次回に無料分を持ち越すことはいたしかねます。
*一般シーケンス以外のサービスでは、初回3反応無料サービスは適応外です。
品質チェックを含むシーケンス解析をお試しいただくサービスのため、ご了承ください。10反応未満にて初回3反応無料体験をご依頼の場合、送料が発生いたします。

サンプル条件

01. テンプレートDNA 準備
濃度

プラスミド: 100ng/ul 以上
PCR産物:50 ng/ul 以上
*未精製PCR産物も同条件となります。
*1.5ml チューブ のご使用をお勧めいたします。
*規定濃度に満たない場合でもシーケンスは可能ですが、結果の保証はいたしかねます。

溶液量

1反応のみの場合、10 uLご用意ください。

* 1 テンプレートDNA + 1プライマーの組み合わせを『1反応』としております。
* プラスミド・PCR産物 いずれもこちらの容量でご準備ください。
* QC + 1反応 + 再反応 1回分を含みます。
* 追加1反応につき 3 uL を追加してください。

例)1つのテンプレートDNAを用いて4反応行う場合
  基本 10 uL +(追加 3 uL × 3反応)= 19 uL

02. プライマー準備
弊社ユニバーサルプライマーをご利用頂く場合

以下のリンクに記載のある弊社保有のUniversal Primerは無料でご利用いただけます。ウェブオーダー時のプライマータイプ欄にて【ユニバーサル】をお選びください。

Primer Name sequence ( 5` to 3`) Base
T7 AATACGACTCACTATAG 17
T7terminator GCTAGTTATTGCTCAGCGG 19
T7promoter TAATACGACTCACTATAGGG 20
T3 ATTAACCCTCACTAAAG 17
SP6 ATTTAGGTGACACTATAG 18
M13F-pUC GTTTTCCCAGTCACGAC 17
M13R-pUC CAGGAAACAGCTATGAC 17
M13F GTAAAACGACGGCCAGT 17
M13R GCGGATAACAATTTCACACAGG 22
M13M4 GTTTTCCCAGTCACGAC 17
pGEX5 GGCAAGCCACGTTTGGTG 18
pGEX3 GGAGCTGCATGTGTCAGAGG 20
27F AGAGTTTGATCMTGGCTCAG 20
1492R TACGGYTACCTTGTTACGACTT 22
518F CCAGCAGCCGCGGTAATACG 20
800R TACCAGGGTATCTAATCC 18
907R CCGTCAATTCMTTTRAGTTT 20
ITS1 TCCGTAGGTGAACCTGCGG 19
ITS4 TCCTCCGCTTATTGATATGC 20
ITS5 GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG 22
NL1 GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG 24
NL4 GGTCCGTGTTTCAAGACGG 19
BGH-R TAGAAGGCACAGTCGAGG 18
BGH-rev CTAGAAGGCACAGTCGAGGC 20
CMV-F CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG 21
10F GTTTGATCCTGGCTCA 16
T7R TTGGTACCGAGCTCGGAT 18
サンプルと同梱包でお送り頂くプライマー(同封プライマー)の場合

基本濃度
5 pmol/uL (5 uM)
*5 pmol/uL 未満のプライマーでも解析は可能ですが、結果の保証はいたしかねます。

溶液量
10 uL(5 uM、1反応のみの場合) をご用意ください。

複数のテンプレートDNAを1種類のプライマーで解析する場合、1反応につき2 uLを追加してください。
例)テンプレートDNA 4種類の場合
 基本10 uL + (2 uL ×3反応)= 16 uL

*テンプレートDNAとプライマーは混合せず、必ず別々の1.5mLチューブでお送りください。
*弊社サービスの推奨プライマーTm値は 50~58℃ です。

保管プライマーをご利用いただく場合

「保管プライマー」の保管期間は、直近でご依頼いただいた受託のサンプル到着後の受付日より1か月間です。
保管期間内であれば、新規受託登録において「保管プライマー」をご利用いただけます。
ウェブオーダー時のプライマータイプ欄にて【保管】をお選びください。

*残量が無い場合はオーダー確認後、メールにてご連絡いたします。
*新規受託登録が保管期間内の場合でも、サンプルの弊社到着が保管期間経過後の場合、「保管プライマー」がご利用頂けない場合がございます。 受託登録・サンプル発送は、保管期間に余裕をもって行っていただきますようお願いいたします。

弊社でプライマーを製作する場合

ウェブオーダー時のプライマータイプ欄にて【製作】をお選びいただき、プライマーの配列をご入力ください。
製作したプライマーは弊社にて6か月間保管いたします。6か月の期間内であれば保管プライマーとしてご利用いただけます。
保管プライマーのリストに表示されない場合は、付記事項欄に使用を希望する製作済プライマー名を記載ください。

Premix SEQUENCE
Premixシーケンス

サービス概要

テンプレートとプライマーを混合した状態のサンプルをお送りいただくことで、より安価に弊社のシーケンスサービスをご利用いただけます。

Premixシーケンスのウェブオーダー方法
8連チューブ、シングルチューブでお送りいただく場合はこちら
プレートでお送りいただく場合はこちら

納期

サンプル受付後、最短12時間、通常24~36時間、48時間以内の納品を保証いたします。
*土日休日を除きます。
* 大量サンプルをご依頼時の納期は別途ご相談ください。

価格

60反応未満の場合
1反応あたり605円(税込)
*8反応以上の場合は送料無料です。着払いにてお送りください。
* 8反応未満で着払いにてお送り頂いた場合、送料実費を請求いたします 。

60反応以上の場合(シングルチューブは対象外)
35,904円(税込)
*60-96反応一律価格
*シングルチューブでお送りいただいた場合、こちらの価格は適用外です。96 well プレート もしくは 8連チューブ でお送りください。
*送料無料です。着払いでお送りください。
*97反応以上の価格はお問い合わせください。
 Mail : ces@macrogen-japan.co.jp

注意事項

  • 一般シーケンスで行っている品質チェックはいたしません。お送り頂いたサンプルをそのまま 、BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit を用いたシーケンス反応に使用します。
  • シーケンス長・品質の保証はいたしかねます。
  • 弊社の機械トラブル等による結果不良を除き再反応をいたしかねます。

サンプル準備

下表の条件を参考に、テンプレートとプライマーの混合物をご調整ください。

テンプレート サイズ テンプレート量
目安
プライマー量
目安
総量
プラスミド - 300 ng 20 pmol 10 ul
PCR産物 200bp未満 20 ng 30 pmol
500bp未満 40 ng
1kb未満 60 ng
1kb以上 100 ng
3kb以上* 300 ng

*3 kb 以上のPCR産物はご注文登録の際、“付記事項(コメント欄)”にサイズの記入をお願いします。

  • プレートの場合はシールではなく、可能な限り8連チューブの蓋をご利用ください。
    *シールをご利用の場合はプレート底部にサンプルを集め、予め凍らせた状態で冷凍便にてお送りください。
  • シングルチューブ、8連チューブの場合は、特に輸送温度の指定はございません。DNAの分解がご不安でしたら冷蔵便・冷凍便でお送りください。
Run Only SEQUENCE
Run Onlyシーケンス

サービス概要

お客様にシーケンス反応、シーケンス反応物の精製、Hi-Di Formamideへの溶解まで行っていただき、弊社でランのみを行うことで、さらに安価にシーケンスサービスをご利用いただけます。

Run Onlyシーケンスのウェブオーダー方法はこちら

納期

サンプル受付後、最短12時間、通常24~36時間、48時間以内の納品を保証いたします。
*土日休日を除きます。
* 大量サンプルをご依頼時の納期は別途ご相談ください。

価格

65反応未満の場合
1反応あたり363円(税込)
*16反応以上の場合は送料無料です。着払いにてお送りください。
*16反応未満で着払いにてお送りいただいた場合は送料実費も請求いたします。

65反応以上の場合
23,232円(税込)
*65-96反応一律価格
*送料無料です。着払いでお送りください。
*97 反応以上の価格はお問い合わせください。
Mail : ces@macrogen-japan.co.jp

注意事項

  • Run Only シーケンスでは一般シーケンスで行っているサンプルの品質チェックはいたしません。お送り頂いたサンプルを、そのままシーケンサーでRunいたします。
  • Run Onlyシーケンスでは、サイクルシーケンス反応まで行われたサンプルをお預かりするため、シーケンス長・品質は保証いたしかねます。
  • Run Onlyシーケンスでは、弊社の機械トラブル等による結果不良を除き、再反応をいたしかねますことを、予めご了承ください。

サンプル条件

  • サンプルは1反応につき 15 μL以上 の溶液量でご用意ください。
  • サイクルPCR(シーケンス反応)はBigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit を用いて行ってください。
  • サンプルはシーケンス反応後、精製、Hi-Di Formamide に溶解してください。
  • 8連チューブ、96ウェルプレートのいずれかの容器にてお送りください。
  • アルミホイル等で遮光の上、冷凍便でお送りください。

※ サンプルの品質チェックはいたしません。お送り頂いたサンプルを、そのままシーケンス解析いたします。

Primer walking
プライマーウォーク

サービス概要

長鎖の未知のDNA配列を解析するのに適した解析です。お送りいただいたテンプレートDNAとプライマーで初回のシーケンス反応を行います。そこから得られた配列情報を元に、ご希望のウォーキングサイズまでプライマー製作およびシーケンス反応を繰り返し行います。そして、それぞれの反応から得られた配列のアセンブル結果をご報告いたします。

解析の流れ・納期

初回シーケンスは一般シーケンスと同様に行い、その後、シーケンスを読み進めるごとに新たなプライマーを設計・製作いたします。下図の通り、Forward側またはReverse側の一方向から読み進める場合と、両方向から読み進める場合がございます。

納期は、ご希望のウォーキングサイズによって異なりますが、およそ4,000 bpを片側から読み進める場合で1か月程度でございます。

*シーケンス不良などによりプライマー製作が困難となり、テンプレートDNAの全長がシーケンス出来ない場合もございます。何卒ご了承くださいませ。

価格

初回1反応: 935円(税込)*1
2反応以降: 5,500円/反応(税込)*2

*1 お送りいただいたプライマーもしくは弊社保有のUniversal Primerを使用して初回シーケンスを行う場合の価格です(一般シーケンスと同様)。弊社でプライマー製作から行う場合、製作費用(121円 / mer)も頂戴いたします。

*2 Primer Walkingでの2反応目以降における 『1反応』 について初回1反応 (約 1,000 bp) の解析を行い、その後プライマーの設計箇所に関わらず、 500 bpずつシーケンスを読み進める毎に 『1反応』 とカウントいたします (500 bp未満は切り上げいたします)。そのため、Primer Walkingにおける反応数は、実際に設計を行ったプライマーの数と一致しない場合がございます。なお、2反応目以降のプライマー製作費用は、上記の価格に含まれております。

例) 決定したい配列長 4,000 bp
 【パターン1】Forward側 または Reverse側 の一方向から読み進める
 初回 (約 1,000 bp) 1反応 + プライマーウォーク (500 bp) 6反応
  935円 + (5,500円 ×6反応) = 33,935円(税込)

 【パターン2】Forward側 および Reverse側 の両方向から読み進める
 初回 (約 1,000 bp) 2反応 +プライマーウォーク (500 bp) 4反応
 (935円 ×2反応)+(5,500円 × 4反応) = 23,870円(税込)

サンプル条件

01. テンプレートDNA 準備
濃度

プラスミド: 100ng/ul 以上
PCR産物:50ng/ul 以上
※未精製PCR産物も同条件となります。
※1.5ml チューブ のご使用をお勧めいたします。
※規定濃度に満たない場合でもシーケンスは可能ですが、結果の保証はいたしかねます。

溶液量

基本10 uL + (3 uL × プライマーウォーク 反応回数分)

*プラスミド・PCR産物 いずれも上記の容量でご準備ください。1反応で500 bpシーケンスする想定でご準備ください。

例) 決定したい配列長 4,000 bp
 【パターン1】Forward側 または Reverse側 の一方向から読み進める
 基本10 uL + (3 uL × 6反応)= 28 uL

 【パターン2】Forward側 および Reverse側 の両方向から読み進める
  基本10 uL + (3 uL ×4反応)= 25 uL
 *初回シーケンスでは1,000 bpのシーケンスを想定しています。

02. 初回シーケンス用プライマー準備
弊社保有のユニバーサルプライマーをご利用いただく場合

以下のリンクに記載のある弊社保有のUniversal Primerは無料でご利用いただけます。ウェブオーダー時のプライマータイプ欄にて【ユニバーサル】をお選びください。

Primer Name sequence ( 5` to 3`) Base
T7 AATACGACTCACTATAG 17
T7terminator GCTAGTTATTGCTCAGCGG 19
T7promoter TAATACGACTCACTATAGGG 20
T3 ATTAACCCTCACTAAAG 17
SP6 ATTTAGGTGACACTATAG 18
M13F-pUC GTTTTCCCAGTCACGAC 17
M13R-pUC CAGGAAACAGCTATGAC 17
M13F GTAAAACGACGGCCAGT 17
M13R GCGGATAACAATTTCACACAGG 22
M13M4 GTTTTCCCAGTCACGAC 17
pGEX5 GGCAAGCCACGTTTGGTG 18
pGEX3 GGAGCTGCATGTGTCAGAGG 20
27F AGAGTTTGATCMTGGCTCAG 20
1492R TACGGYTACCTTGTTACGACTT 22
518F CCAGCAGCCGCGGTAATACG 20
800R TACCAGGGTATCTAATCC 18
907R CCGTCAATTCMTTTRAGTTT 20
ITS1 TCCGTAGGTGAACCTGCGG 19
ITS4 TCCTCCGCTTATTGATATGC 20
ITS5 GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG 22
NL1 GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG 24
NL4 GGTCCGTGTTTCAAGACGG 19
BGH-R TAGAAGGCACAGTCGAGG 18
BGH-rev CTAGAAGGCACAGTCGAGGC 20
CMV-F CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG 21
10F GTTTGATCCTGGCTCA 16
T7R TTGGTACCGAGCTCGGAT 18
カスタムプライマーをご用意いただく場合

基本濃度
5 pmol/uL (5 uM)
*5 pmol/uL 未満のプライマーでも解析は可能ですが、結果の保証はいたしかねます。

溶液量
10 uL(5 uM、1反応のみの場合) をご用意ください。

複数のテンプレートDNAを1種類のプライマーで解析する場合、1反応につき2 uLを追加してください。
例) テンプレートDNA 4種類の場合
 基本10 uL + (2 uL ×3反応)= 16 uL

*テンプレートDNAとプライマーは混合せず、必ず別々の1.5mLチューブでお送りください。
*弊社サービスの推奨プライマーTm値は 50~58℃ です。

弊社でプライマーを製作する場合

ウェブオーダー時のプライマータイプ欄にて【製作】をお選びいただき、プライマーの配列をご入力ください。
製作したプライマーは最終ご利用日から6カ月保管いたします。6か月の期間内であれば保管プライマーとしてご利用いただけます。
保管プライマーのリストに表示されない場合は、付記事項欄に使用を希望する製作済プライマー名を記載ください。